تم إنشاء الهيئة بالقرار الجمهوري رقم 1189 لسنة 1968 لتتبع وزارة التجارة الداخلية ويكون مركزها الرئيسي القاهرة . كان السبب الرئيسي فى إنشاء هذا الكيان الاقتصادي فى عام 1968 هو إدارة أزمات السلع التموينية والاستهلاكية فى السوق المصري خلال فترة ما بعد 1967 وذلك بإسناد تلك المهمة إلى كيان مستقل ماليا وإداريا . وقد تطور الدور الذي تلعبه الهيئة في تدبير السلع الضرورية للسوق المصري حتى وصل عدد السلع التي تدبرها الهيئة خلال السبعينات إلى ما يقرب من 50 سلعة . ومع تزايد إسناد الدولة لتدبير الاحتياجات من السلع الضرورية للقطاع الخاص ، تقلص عدد السلع التي تدبرها الهيئة ليصل في منتصف الثمانينات ومطلع التسعينات إلى حوالي 4 سلع وهى( القمح – السكر – الزيت – الشاي ) وهو الوضع القائم حتى تاريخه . قامت الهيئة طبقا للقرارين رقمي 346 ،626 لسنة 1984 بتفويض الشركة العامة للصوامع والتخزين بالقيام بجميع الأعمال المتعلقة بالتخليص الجمركي والتفريغ والشحن إلى الصوامع الداخلية للبلاد . انتقلت تبعية الهيئة العامة للسلع التموينية إداريا إلى وزارة الصناعة والتجارة بموجب القرار رقم 420 لسنة 2005 . انتقلت تبعية الهيئة العامة للسلع التموينية إداريا بموجب قرار رئيس المجلس الاعلي للقوات المسلحة رقم (39) لسنة 2011 إلي وزاره التموين والتجارة الداخلية.